일본 문부과학성이 재일 조선학교를 고교 무상화 대상에서 제외하는 정책을 유지하는 배경에는 북한 및 재일본조선인총연합회(조총련)와의 관계 문제가 자리하고 있다. 일본 정부는 단순한 외국계 학교 여부가 아니라 교육 운영의 독립성과 정치적 중립성을 핵심 쟁점으로 보고 있다는 입장이다.
일본 정부는 2010년 도입한 고교무상화 제도에서 외국인학교 상당수를 지원 대상으로 포함했지만, 조선학교는 제외했다. 당시 민주당 정권은 조선학교 포함 여부를 검토했으나, 연평도 포격 사건 이후 심사가 중단됐고 이후 제외 방침이 굳어졌다.
문부과학성은 2013년 공개한 심사 자료에서 조선학교와 조총련의 관계, 교육 내용, 재정 운영 구조 등을 문제 삼았다. 일본 정부와 법원은 조선학교가 북한과 조총련의 영향을 받고 있어 지원금이 교육 목적 외로 사용될 우려가 있다고 판단했다. 일본 고등법원 역시 “북한과 조총련의 영향 아래 있다”는 점을 인정하며 정부 손을 들어줬다.
이와 관련해 일본 최고재판소는 2019년 조선학교 측 상고를 기각하며 정부의 무상화 제외 조치를 사실상 확정했다. 이에 따라 전국 조선학교들은 현재까지 무상화 대상에서 제외된 상태다.
반면 조선학교 측과 시민단체들은 일본 정부 조치가 명백한 차별이라고 반발하고 있다. 이들은 다른 외국인학교에는 적용되는 지원이 조선학교에만 배제되고 있으며, 학생들의 교육권 침해라고 주장한다. 일본 내 시민단체들은 문부과학성 앞 집회와 서명운동 등을 이어가며 무상화 적용을 요구하고 있다.
조선학교 문제는 일본 내 안보 인식과 북일 관계, 재일동포 사회 문제 등이 복합적으로 얽혀 있어 정치·외교적 성격이 강하다는 분석도 나온다. 일본 사회에서는 북한 핵·미사일 문제와 일본인 납치 문제에 대한 반감이 여전히 큰 상황이다. 이에 따라 조선학교 문제 역시 단순 교육 정책을 넘어 대북 인식과 연결돼 있다는 평가가 나온다.
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